Trường cấp 3 Nam Quảng Trạch - Trường THPT số 2 Quảng Trạch và nay là Trường THPT Lê Hồng Phong, thành lập ngày 20 tháng 9 năm 1966 theo quyết định số 1216 QĐ/UB của Uỷ ban hành chính tỉnh Quảng Bình tách ra từ trường cấp 3 Quảng Trạch. Trong quá trình xây dựng và trưởng thành, trường đã được nhân dân vùng Nam Quảng Trạch (nay là thị xã Ba Đồn), đặc biệt nhân dân thôn Cao Cựu, Thanh Tân (Quảng Hòa), nhân dân xã Quảng Thủy đùm bọc, cưu mang, tạo điều kiện thuận lợi nhất để phát triển, vững bước đi lên - khẳng định địa chỉ giáo dục tin cậy nhất của nhân dân vùng Nam. Điều này thể hiện rất cụ thể qua những chặng đường sau:
 Trường cấp 3 Nam Quảng Trạch xây dựng trên đất thôn Cao Cựu - xã Quảng Hòa - huyện Quảng Trạch (nay là thị xã Ba Đồn). Ngày đầu thành lập, trường  chỉ có 6 lớp với 283 học sinh, 14 cán bộ giáo viên, nhân viên do thầy giáo Nguyễn Quang Đăng làm Hiệu trưởng. Trong hoàn cảnh chiến tranh khốc liệt, trường lớp tạm bợ nhưng với khát vọng đào tạo những lớp người có tri thức, trung thành với lý tưởng cách mạng của Đảng, tập thể thầy cô giáo nhà trường đã nỗ lực vượt mọi khó khăn để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ giáo dục. Ngày khai trường đầu tiên (5-9-1966) được long trọng tổ chức trong niềm tin thắng lợi của giáo viên và học sinh. Kết quả cuối năm học, trường gặt hái được nhiều thành tích xuất sắc. Đội học sinh đi thi học sinh giỏi toàn tỉnh mang về thành tích cho nhà trường rất đáng trân trọng. Học sinh Nguyễn Hữu Trường đạt giải nhất môn Văn, giải nhì môn Toán; học sinh Lê Đình Thám đạt giải nhất môn Văn, học sinh Lê Văn Dần đạt giải ba môn Toán (Kỳ thi HSG lớp 10 (10/10) toàn tỉnh: chỉ tổ chức 2 môn Văn – Toán). Kỳ thi tốt nghiệp lớp 10 trong năm học đầu tiên này, tỉ lệ đậu 100% . Học sinh của ba lớp 8, hai lớp 9 lên lớp thẳng 95%. Qua mỗi năm học,  số lượng học sinh và chất lượng dạy học được nâng lên. Cơ sở vật chất của trường ngày một khang trang hơn. Đội ngũ cán bộ giáo viên, công nhân viên ngày càng đông hơn về số lượng. Hầu hết số học sinh lớp 10 sau khi tốt nghiệp đã thi đậu vào các trường Đại học, các trường trung học chuyên nghiệp và một số học sinh được cử đi học đại học ở các nước XHCN anh em.
 Năm học 1969-1970, thực hiện tốt lời kêu gọi của Bác Hồ Dù khó khăn đến đâu cũng phải thi đua dạy tốt học tốt, Trường cấp 3 Nam Quảng Trạch đã quy tụ các phòng học nhà hầm nằm rải rác trong dân về một địa điểm, với một cảnh quan mới gồm 12 phòng học mái rạ, vách đất đứng ngay ngắn, gọn gàng sát bên nhau. Trường ra sức thi đua xây dựng đẹp lớp, đẹp trường, thực hiện nề nếp tốt trong dạy và học, khẳng định chất lượng của nhà trường ngay những năm đầu thành lập.
 Chuẩn bị bước vào năm học 1972-1973, trường chuyển địa điểm sơ tán về xã Quảng Thủy. Trong hơn 3 tuần đầu, cán bộ giáo viên, nhân viên, phụ huynh và học sinh khẩn trương lao động, di chuyển phòng học, bàn ghế, cơ sở vật chất, các phương tiện dạy-học đến địa điểm mới. Toàn trường dựng lại từng phòng học, làm sàn chống bom bi, chống cháy bom Napan, đào đắp hệ thống hào giao thông, hầm chữ A bao quanh lớp học, trường học. Phụ huynh 10 xã vùng Nam đã tận tâm, tận lực đóng góp nguyên vật liệu, dồn hết sức người, sức của cho nhà trường. Tất cả vì nhà trường, vì học sinh thân yêu. Đội ngũ thầy cô giáo và hơn 500 em học sinh đã vượt qua mưa bom bão đạn của kẻ thù, khiêng vác hàng chục tấn nguyên vật liệu, đào đắp hàng trăm mét khối đất, xây dựng lại 12 phòng học, một nhà văn phòng,  hệ thống nhà ở, nơi nghỉ ngơi, làm việc, hội họp của các thầy cô giáo và CBCNV nhà trường.
 Đầu năm học 1979 -1980, lần thứ 3 Trường cấp 3 Nam Quảng Trạch di dời địa điểm từ xã Quảng Thủy về  xã Quảng Hòa. Một lần nữa trường lại được sự đùm bọc, cưu mang của Đảng bộ, nhân dân xã Quảng Hòa, đặc biệt nhân dân thôn Thanh Tân. Quy mô nhà trường lúc này lớn hơn so với 2 lần di chuyển trước đây với 23 lớp học,  hơn 1000 học sinh và có 63 cán bộ giáo viên.
 Ước mơ của cán bộ giáo viên và nhân dân vùng Nam Quảng Trạch là có một ngôi trường kiên cố để bớt sự vất vả cho học sinh và giảm sự đóng góp công của, sức lực của các bậc phụ huynh. Vì vậy, ngày 18-2-1984, UBND tỉnh Bình Trị Thiên ký quyết định 232/QĐ-UB cấp vốn xây dựng cho 12 hạng mục công trình và cấp 21.000m² đất lâu dài (bao gồm 2 khu vực: khu vực học tập và khu vực sân vận động) để xây dựng trường. Qua 6 năm xây dựng (1984-1990), ngày 10 tháng 4 năm 1990 nhà trường cùng với UBND huyện Quảng Trạch, Sở GD-ĐT Quảng Bình, nhân dân 10 xã vùng Nam Quảng Trạch long trọng làm lễ  cắt băng khánh thành dãy nhà hai tầng với 8 phòng học kiên cố.
Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI (tháng 12 năm 1986) đã đề ra đường lối đổi mới toàn diện đất nước. Đây là  mốc quan trọng đánh dấu bước chuyển qua thời kỳ đổi mới, đổi mới toàn diện, đồng bộ từ kinh tế, chính trị tư tưởng, văn hóa xã hội. Thực hiện Nghị quyết của Đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI, Trường THPT cấp 3 Nam Quảng Trạch có bước chuyển biến mới về cơ cấu tổ chức, phương thức làm việc, năng động sáng tạo trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo và trong giảng dạy - học tập.
Từ năm học 1986-1987, số lượng học sinh, số lượng lớp học ngày một tăng. Trường phải học hai ca, phải làm thêm phòng học tạm. Trong năm học 1990-1991, Trường cấp 3 Nam Quảng Trạch đã được đổi tên thành trường THPT số 2 Quảng Trạch. Trước quy mô phát triển và yêu cầu bức thiết của nhà trường, ngày 02-04-1999, UBND tỉnh Quảng Bình ký quyết định 162/QĐUB với phương thức chìa khóa trao tay xây dựng dãy nhà hai tầng   gồm 10 phòng học. Ngày 21-03-2000, UBND tỉnh Quảng Bình, Sở GD-ĐT Quảng Bình và nhà trường đã long trọng làm lễ khánh thành 10 phòng học kiên cố, khang trang và đưa vào sử dụng, phục vụ cho việc dạy và học.
 Từ năm 2000 cho đến nay, công tác dạy và học của nhà trường ngày càng được nâng cao rõ rệt, từ chất lượng giáo dục toàn diện đến chất lượng mũi nhọn. Đặc biệt, năm học 2008-2009 nhà trường đã được UBND tỉnh Quảng Bình công nhận Tập thể lao động xuất sắc. Từ ngôi trường này, đã có nhiều học sinh thi đỗ vào các trường đại học, cao đẳng, THCN (riêng trong năm học 2012-2013 có trên 250 em thi đỗ vào ĐH, CĐ, TCCN, đạt tỷ lệ 50%) và có học sinh thi đỗ 2 đến 3 trường đại học với điểm số cao, như: Mai Văn Sĩ đỗ Đại học Cảnh sát nhân dân với 29 điểm, Đại học Y Huế 28,5 điểm (năm học 2006-2007); Phan Tiến Đạt đỗ Đại học Bách khoa Hà Nội 28,5 điểm, Đại học Y Huế 28 điểm và Nguyễn Văn Thuyết đỗ Đại học Bách khoa Hà Nội 29 điểm, Đại học Y Huế 28,5 điểm (năm học 2007-2008). Đặc biệt, trong năm học 2010-2011, nhà trường có học sinh  Phạm Thái Sơn đã vượt lên với điểm số cao 29,5 điểm, trở thành thủ khoa của Trường đại học Y Huế và cũng là một trong ba thủ khoa có điểm thi Đại học cao nhất của cả nước.
 Năm học 2012-2013, nhà trường đã đánh dấu bước tiến vượt bậc bằng những thành tích tiêu biểu: Đội tuyển học sinh giỏi của trường đạt 52 giải tại các kỳ thi cấp tỉnh và 02 giải cấp quốc gia; đội tuyển điền kinh của trường đạt 05 huy chương các loại tại giải điền kinh do ngành giáo dục tổ chức, riêng đội bóng chuyền nữ đạt huy chương bạc tại đại hội thể thao huyện Quảng Trạch. Điều đáng nói là, trong số học sinh đỗ tốt nghiệp, có trên 45% học sinh thi đỗ vào các trường đại học và cao đẳng, nhiều em đỗ vào 2 trường đại học với điểm số cao. Kết thúc năm học 2012-2013, có 23 giáo viên đạt chiến sỹ thi đua cấp cơ sở và 5 giáo viên đạt chiến sỹ thi đua cấp tỉnh. Trường THPT số 2 Quảng Trạch đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm học, được UBND Tỉnh tiếp tục công nhận danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc. Đảng bộ đạt danh hiệu tổ chức cơ sở đảng trong sạch vững mạnh tiêu biểu năm 2012. Cũng trong năm học này, trường vinh dự được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen vì đạt được nhiều thành tích xuất sắc trong sự nghiệp giáo dục - đào tạo từ năm học 2009-2010 đến năm học 2011-2012. Với những thành tích đã đạt được, ngày 14/06/2013, chủ tịch UBND tỉnh Quảng Bình đã ký quyết định số 1365 QĐ/UBND công nhận Trường THPT số 2 Quảng Trạch là Trường đạt chuẩn Quốc gia. Đây sẽ là cơ sở, là động lực để thầy và trò trường THPT số 2 Quảng Trạch có những bước tiến dài trong  những năm tiếp theo.
 Trong năm học 2013-2014, trường THPT Lê Hồng Phong đã khắc phục những khó khăn và hoàn thành tốt nhiệm vụ năm học. Nhiều chỉ tiêu quan trọng đã được Nhà trường thực hiện tốt. Tỷ lệ học sinh khá, giỏi ngày càng tăng. Trong kì thi chọn học sinh giỏi cấp tỉnh, đoàn học sinh khối 11 và khối 12 đạt kết quả cao. Trong đó khối 11 xếp thứ ba toàn đoàn. Đặc biệt, trong năm học này có hai em đạt giải khuyến khích quốc gia môn tiếng Anh và môn Toán.
 Ngày 16/05/2014, Chủ tịch UBND Tỉnh Quảng Bình đã ra quyết định số 1220/QĐ – UBND đổi tên trường từ Trường THPT Số 2 Quảng Trạch thành Trường THPT Lê Hồng Phong. Đây là một thay đổi có tính chất bước ngoặt của trường Nam Quảng Trạch. Quy mô nhà trường với 36 lớp, gần 1500 học sinh, đội ngũ cán bộ giáo viên, nhân viên đều đạt chuẩn và trên chuẩn. Cơ sở vật chất đã từng bước được xây dựng khang trang, trang thiết bị phục vụ cho việc dạy học được trang bị đầy đủ. Đón chào năm học mới 2014-2015, thầy và trò Trường THPT Lê Hồng Phong với một tâm thế thực hiện thắng lợi xuất sắc nhiệm vụ năm học trong năm đầu tiên cả hệ thống giáo dục triển khai Nghị quyết số 29-NQ/TW.
 Thi đua lập thành tích chào mừng kỷ niệm 50 năm thành lập Trường THPT Lê Hồng Phong (1966-2016), Nhà trường đã xây dựng kế hoạch năm học rất cụ thể, trong đó tập trung vào nâng cao hơn nữa chất lượng mũi nhọn. Kết quả tổng số giải đạt được trong năm là 66 giải. Trong đó: Thi giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh: có 2 giáo viên đạt giáo viên giỏi cấp tỉnh (trong đó có 1 giáo viên đạt giải Nhì); thi tích hợp liên môn có 01 giải Ba, thi olympic “Tài năng tiếng Anh”: 01 giải ba tỉnh, thi olympic tiếng Anh trên Internet: 3 giải (1 giải nhì, 1 giải ba cấp tỉnh, 1  HCĐ cấp quốc gia); thi giải toán qua Internet đạt 3 giải cấp tỉnh (2 giải ba, 1 giải khuyến khích), thi giải toán trên máy tính cầm tay: 4 giải cấp tỉnh (1 giải ba, 3 giải khuyến khích), thi sáng tạo KHKH: 1 giải ba cấp tỉnh, thi học sinh giỏi khối 11 và khối 12 đạt: 35 giải (2 giải nhì, 15 giải ba, 18 giải khuyến khích) và 5 giải đồng đội, thể dục có 12 giải và 2 giải đồng đội. Vinh dự và tự hào đối với tập thể nhà trường  là ngày 01 tháng 12 năm 2015, Chủ tịch nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam đã ký quyết định số 2653/QĐ-CTN, tặng Huân chương lao động hạng 3 trường THPT Lê Hồng Phong. Đây là sự ghi nhận của Đảng và Nhà nước đối với tập thể nhà trường và sẽ là động lực thúc đẩy trường Nam tiến xa hơn nữa trong những chặng đường tiếp theo.
 Năm học 2016-2017, thầy và trò nhà trường đã rất nỗ lực, cố gắng và đạt được những kết quả đáng khích lệ: Tỷ lệ học sinh đạt học lực khá, giỏi của trường chiếm 65,4%; Trong các kỳ thi học sinh giỏi và các hội thi của tỉnh và quốc gia, nhà trường đã đạt được 71 giải cấp tỉnh và 1HCB, 1KK cấp QG thi giải toán qua mạng, 1 em dự thi Quốc Gia casio. Đặc biệt có em Nguyễn Thị Huyền Trang 12A1 đạt HCB Quốc gia, Hoàng Hào Quang đạt giải KK giải toán qua mạng, Đoàn Thị Hồng Nhung đạt giải nhất cấp tỉnh và dự thi Quốc gia casio, em Đoàn Nhật Thành môn Hóa học, Nguyễn Thị Thúy Lan môn Lịch sử được vào đội dự tuyển Quốc gia; tỷ lệ học sinh đỗ Đại học, Cao đẳng của trường đạt trên 50%;  Đội ngũ giáo viên có trình độ đạt chuẩn là 100%, trong đó trên chuẩn là 17.6%.
Qua hơn 50 năm, trường THPT Lê Hồng Phong đã đạt được nhiều thành tích xuất sắc. Những thành tích đó sẽ là niềm khích lệ mỗi thầy  cô  giáo trên những chặng đường sắp tới. Con đường mới đã mở, nhưng phía trước còn nhiều khó khăn, thách thức. Tập thể hội đồng sư phạm nhà trường với niềm tin tưởng rằng: Trường THPT Lê Hồng Phong sẽ mãi khẳng định vị thế của một trường chuẩn quốc gia. Mỗi cán bộ quản lí, giáo viên công nhân viên nhà trường quyết tâm giữ vững và phát huy những danh hiệu cao quý và những thành tích mà trường đã đạt được, xứng đáng với truyền thống dạy tốt và học tốt của nhà trường hơn nửa thế kỉ qua.